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微孢子虫病诊断方法-一级确定诊断抹片标本显微镜镜检！

一级初步诊断：
轻度感染时因食慾及病变均不明显，又不易致死，故不易察觉、诊断。但若香鱼之皮肤、鳍、肌肉、鳃、腹腔内各脏器之浆膜及脂肪组织见散发或密发之乳白色结节样异物瘤，可从其内容物之抹片标本检出椭圆或卵圆形之单一极囊、极核微孢子虫，大小为5.0-6.1μm×2.0-2.6μm，极丝长约100μm。

二级初步诊断：目前鱼类微孢子虫尚无体外培养的方法。

三级初步诊断：目前尚无可应用之方法。

一级确定诊断：
由发病鱼体所产生的外表或脏器内之异物瘤，可从其抹片标本显微镜镜检，有些研究者应用（kokoskin et al. 1994; Ryan et al. 1993）Chromotrope染色法而加以修改缩短染色时间，增加孢子与背景的对照，如Hot Gram-Chromotrope染色法，可将孢子染成粉红色。
再则可应用穿透式电子显微镜观察孢子形态，其细胞内没有粒线体、过氧化物酶体、典型扁平囊状高尔基体，但具有完整的细胞核，是比较原始的真核生物，同时利用微孢子虫之超显微结构，依据超显微结构（如极丝缠绕的圈数）可以基本确立微孢子虫的种类。

二级确定诊断：
目前鱼类微孢子虫尚无血清型分类的依据；唯可应用间接免疫萤先抗体法或酵素免疫吸附法（ELISA）来检查宿主血清抗体的相对水平。

三级确定诊断：
依据微孢子虫之SSU和LSU rRNA基因序列以及它们之间的间隔序列而设计的特异性PCR引物（primers），可以用来检测和鑑定微孢子虫的种类，但研究的对象均偏重于感染人的微孢子虫，如：E. bieneusi、E. cuniculi、E. hellem、E. intestinalis。至于鱼类微孢子虫；Docker et al.（1997, R）根据rRNA序列设计一套引物评价PCR技术检测大鳞大麻哈鱼感染Loma salmonae的灵敏性和特异性，发现该技术能检测到相当于一个孢子的DNA量。Georgiadis et al.（1998）现场评价巢式PCR（Nested-PCR）对检测感染Nucleospora salmonis之虹鳟的灵敏性和特异性，分别达到99.99%及99.87%。Lee & Yokoyama（2000）比较了几种检测方法，发现原位杂交法（in situ hybridization, ISH）检测香鱼">香鱼微孢子虫（Glugea plecoglossi）感染虹鳟之灵敏度高，可以检测到前孢子期，唯上述这些方法，均偏于实验阶段，尚未开发扩展应用到临床检测等相关工作。