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立体剖解显微镜最常见的用途为：矿(玉)石透析、金属外貌分化、零件外貌比对、IC接脚检查、晶圆电路研发、昆虫生态记载、指纹判别...等遍及中选取，大局部考察不透光的物体。
与生物显微镜比起来，其样本制作较方便，几乎随手可得，都可以观看；

用于生物教学，会使课程更为生动生动，驾驭容易易上手，能帮忙学生培养对对科学的趣味，但由于利用范畴上的不同，立体与生物显微镜都是天然生物课程中不可或缺的主角也都无法被对方代替。