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植物病毒的命名迄今尚未采用二名法, 而是直接以病害名称命名, 如菸草嵌纹病毒(tobacco
mosaic virus, TMV)、瓜类嵌纹病毒(cucumber mosaic virus, CMV)。Gibbs & Harrison (1976) 依
病毒不同的性质、形态, 分为4 大类25 群, 以不同代码(cryptogram) 表示, 如此则每一种病
毒均有四对符号, 即核酸型别／核酸链型: 核酸分子量(百万)／核酸百分率: 病毒体外型／衣
壳外型: 寄主种类／媒介种类; 如菸草坏疽病毒(Tobacco necrosis virus):〔R／1 : 1.5／19 : S／
S: S／Fu〕, 苜蓿嵌纹病毒(Alfalfa mosaic virus):〔R／1 : 1.1／16+0.8／16+0.7／16 :U／U: S／Ap〕。
植物病毒显微镜下的照片

对于植物病毒的研究, 亦探讨其下列三种特性。
1).不活化温度(thermal inactivation point, TIP):
病毒汁液仍具有感染能力的最高处理温度, 如马铃薯病毒X 为70℃／10 min、马铃薯病毒Y
为55℃／10 min、菸草嵌纹病毒为93℃／10 min。
2). 耐稀释度(dilution end point, DEP): 某
病毒被系列稀释后, 无法再感染寄主植物; 病毒汁液仍具有感染能力的最低稀释浓度, 如马
铃薯病毒Y 为10-2、菸草嵌纹病毒为10-6。
3).生命力(longevity in vitro): 病毒病害标本的研磨汁液放置室温情况下, 经过一段时间即失去致病能力; 病毒汁液仍具有感染能力的病组
织保存最长期间, 如马铃薯病毒X 为数週、菸草嵌纹病毒甚至可达20 年之久。而最近Agrios(1988) 的植物病毒分类, 将病毒独立为一界, 即Kingdom VIRA; 下分为
DNA viruses、RNA viruses 二门, 再依病毒蛋白质子粒排列形式分为四个亚门, 即helical DNA
viruses、polyhedral DNA viruses、helical RNA viruses、polyhedral RNA viruses ; 至于纲以下的
分类地位尚未确定。根据核酸的双或单链、外膜的有无、其他组成分的有无、杆状病毒中子
粒螺旋排列是否对称、球形病毒中蛋白质次单位的数目、病毒体的大小、
其他理化生物性质等特性分为下列5 大类26 群(groups)。Agrios(1997)指出10 科，1 群，41 属，533 种。