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常见得鉴别染色法：革兰氏染色法(Gram stain)由于染色法简单，判定容易，已成为实验室鑑定未知菌中的必经手续，目前已知与环工有密切关係之微生物多为革兰氏阴性菌。

革兰氏染色法之原理：此法使用一种以上的染剂进行染色，主要用来区别细胞间或细胞某部位的染色及鑑别菌体或菌体中的特殊部位。

实验步骤：
染色步骤首先依单染法智作为生物细胞固定抹片，接着用四种溶液，结晶紫、碘液(媒染剂)、乙醇(脱色剂)及沙番红分别处理，结果将微生物分成两类，及革兰氏阳性与革兰氏阴性细菌。

    凡是被乙醇脱色并接受番红染色，使细菌成红色反应者为革兰氏阴性菌；若不被乙醇脱色仍保持结晶紫及碘所形成的複合物于细胞中呈紫色，则称为革兰氏阳性细菌。